Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 166238

Figure

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Details

GI 166238 see NCBI Nucleotide
Accession L10759
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Galegeae Astragalus Astragalus agrestis 
Sequence ATCGTTGCCCGATGCCTATTGCAGTGCAATAGGAATTTCTAGGGCGAATGATGGCTTCCCGTGAGCGTTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCTTGGTAGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTCGAGTTAGCACGATACCGATCATGTGCATGCCCCCAAAATATGGCCTCTATGACCCACACGCGTCTTTTGACGCTCA
Structure ((((((((((((.(((((((((...))))))))..).))..)))).))))))......(((((((.((....)))))))))..(((((....(.(((.((((((..((.(((((((((((...(((((.(((.(....).)))))))))))))).))))))).)))).....)).))).)))))).....(((((....)))))...
Method 2: Homology modeled
Energy -66.8 kcal/mol
Model 192807162
Alignment
Sbjct: ACATATCGTTGCCTGATGCCTATTGCAGTGCAATAGGAATTTCTAGGGCGAATGATGGCTTCCCGTGAGCGTTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATTGAGACCTTGGTAGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTCGAGTTANGCACGATACCGATCATGTGCATGCCCCCCAAAATATGGCCTCTACGACCCACATGTGTCTTTTGACACTCATG
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Query: ----ATCGTTGCCCGATGCCTATTGCAGTGCAATAGGAATTTCTAGGGCGAATGATGGCTTCCCGTGAGCGTTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCTTGGTAGGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTCGAGTTA-GCACGATACCGATCATGTGCATG-CCCCCAAAATATGGCCTCTATGACCCACACGCGTCTTTTGACGCTCA--
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 CBCs: _____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(__________)______
HCBCs: _____________(_______________________________)_____________________________________________(______________________________________________________________________________________________)____________________________
Transferred percentage of helices I: 95.238
II: 100
III: 97.297
IV: 100
Annotation Process: Genbank annotation
Start: 1
End: 207

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