Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 166254

Figure

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Details

GI 166254 see NCBI Nucleotide
Accession L10775
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Galegeae Astragalus Astragalus corrugatus 
Sequence ATCGTTGCCCAATGCCTATTGCAGTGCGATATGGAATTGGGCGAATGATGGCTTCCCGTGAGCATTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATTGAGTCCTTGGTAGGTGTGCCATGATAGATGGTGGTCGAGTTATCACGAGACCCATCATGTGCATGCTCCCCAAAATGTGGCCTCTATGACCCACACGCGTCTTTTTTGACGCTCA
Structure (((((((((((((.(.((((((...)))))).)..))))))))).))))......(((((((..(....).)))))))..(((((.(....(((.((((((..(((((((((((((.....(.((((..((....))..))))))))))).)))))))..)))).....)).)))).))))).......((.((....)).))...
Method 2: Homology modeled
Energy -55.7 kcal/mol
Model 168986
Alignment
Sbjct: ATCGTTGCCCGATGCCTATTGCACTGTGATAGGAAATTCTAGGGCGAAAGATGGCTTCCCGTGAGCGTTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCTTGGTAGGGTGTGCCATGATAGGTGGTGGTCGAGTTTGCACGAGACCGATCATGTGTGCGCTCCCCAAAATATGGACTCTTTGACCC-CACACGCGTCTTTTGACGTCA-
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Query: ATCGTTGCCCAATGCCTATTGCAGTGCGATATGGAATT---GGGCGAATGATGGCTTCCCGTGAGCATTGTTGCCTCGCGGTTGGTTGAAAATTGAGTCCTTGGTA-GGTGTGCCATGATAGATGGTGGTCGAGTTATCACGAGACCCATCATGTGCATGCTCCCCAAAATGTGGCCTCTATGACCCACACGCGTCTTTTTTGACGCTCA
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 CBCs: __________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: __________(_________(_____)__________)________________________________________________________________________(((___________________________________________)))__________________________________((__(____)__))___
Transferred percentage of helices I: 95
II: 88.889
III: 91.892
IV: 80
Annotation Process: Genbank annotation
Start: 1
End: 206

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