Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 11120118

Figure

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Details

GI 11120118 see NCBI Nucleotide
Accession AF287677
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Crotalarieae Lotononis Lotononis laxa 
Sequence GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCTTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGTGAATGCTGGCTTCCCGCGAGCAATGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCATGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTACGGCCCATGAGCGTCTTTTTGTCGCCCAAGACGGGA
Structure ((((((..(((((((.((((((.(((.....))))))))).....))))))))))..)))...(((.((((...).))).)))..(((((.....((((((((((((((.(((.((((((.(((.((((..((((((....)))))).)))).))))))).))..)))))))))....)).))))).))))))......(((((..(.(....).))))))...
Method 2: Homology modeled
Energy -65.8 kcal/mol
Model 157673676
Alignment
Sbjct: GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCCTGGCCTCGCGCCGGGCACCGAGCGGGGCGAGTGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTATGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGG--
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Query: GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCTTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGTGAATGCTGGCTTCCCGCGAGCAATGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCATGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTACGGCCCATGAGCGTCTTTTTGTCGCCCAAGACGGGA
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 CBCs: _____________________(____________)_____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _____(____(____________(_________)_______________)__)____________________________________(____________(___________________________________________________________________________)_________)___________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 85.714
III: 100
IV: 87.5
Annotation Process: HMM annotation
Start: 374
End: 597

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