Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 169260535

Figure

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Details

GI 169260535 see NCBI Nucleotide
Accession EU347842
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Crotalarieae Lebeckia Lebeckia halenbergensis 
Sequence GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCCTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGCGAATGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTTCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTGTGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGGGA
Structure ((((((..(((((((.(((((.((((.....))))))))).....))))))))))..)))...((((((((...).)))))))..(((((.....((((((((((((((.(((.((((((.(((.((((..((((((....)))))).)))).))))))).))..)))))))))....)).))))).))))))......(((((..(((....))))))))...
Method 2: Homology modeled
Energy -72.3 kcal/mol
Model 169260423
Alignment
Sbjct: GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCCTGGCCTCGCGCCAGGCACCGAGCGGGGCGAGTGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCCTTGCGACTCTATGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGG--
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Query: GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCCTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGCGAATGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTTCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTGTGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGGGA
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 CBCs: ________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _____(_________________(_________)__________________)_______________________________________________(________________________________________________________________________________)__________________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 100
III: 100
IV: 100
Annotation Process: HMM annotation
Start: 497
End: 720

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