Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 18481506

Figure

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Details

GI 18481506 see NCBI Nucleotide
Accession AF461570
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi environmental samples uncultured fungus 
Sequence ATGAACACCTCAACTCTCATGGCTTGCCATGATGAGCTTGGACTTTGGAGGCTTTACTGGCCCGTGGTCGGCTCCTCTCAAATGAATCAGCTTACCGGTGCACGGTGGCGTTGCAGGTGTGATAACTATCTACGCTTGCGATCGTCCGCCAGGTAACCTCTGGCATCGTTGGAGGTTCGCTGGGGCTTACAAATGTCTCTCCTCAGCGAAGACNGATTTCTGAACGTTTGA
Structure .........(((((((((((((....)))))).))).))))..((((((((....(((((((...)))))).))))).)))).......(((.(..(((((.(((((((((((((((((((((....))).)))))))))).)).))))).)))).)))..))).......((((((((..(((.(.......(((((.(((...).)))))))).))).))))).)))..
Method 2: Homology modeled
Energy -52.71 kcal/mol
Model 162311583
Alignment
Sbjct: ATGAACACCTCAACTCTCATGGTTTTGCCGTGATGAGCTTGGACTTTGGAGGTCTTGCCGGCCTGTGGTCGGCTCCTCTCAAATGAATCAGCTTGCCAGTGTTTGGTGGCGTCACAGGTGTGATAACTATCTACGCTTATGG-CTTCCACCGGGTAACCNTCAGCA---ATNGANGTTCGCTGGAGCTCATAAATGTCTCTCCTCAGTGAGGACGGCTTCTTGAATGTTTGA
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Query: ATGAACACCTCAACTCTCATGG-CTTGCCATGATGAGCTTGGACTTTGGAGGCTTTACTGGCCCGTGGTCGGCTCCTCTCAAATGAATCAGCTTACCGGTGCACGGTGGCGTTGCAGGTGTGATAACTATCTACGCTTGCGATCGTCCGCCAGGTAACCTCTGGCATCGTTGGAGGTTCGCTGGGGCTTACAAATGTCTCTCCTCAGCGAAGACNGATTTCTGAACGTTTGA
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 CBCs: _________________________________________________________________________________________________________________(_________________________)____________________________________________________________________________________________
HCBCs: ___________________(_________)____________________________(___________)_____________________(________(____(____((___________________________))______)____)________)____________(______(_(________________________________)_)_____)______
Transferred percentage of helices I: 92.857
II: 93.333
III: 92.308
IV: 84.211
Annotation Process: HMM annotation
Start: 397
End: 627

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