Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 18481525

Figure

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Details

GI 18481525 see NCBI Nucleotide
Accession AF461589
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi environmental samples uncultured fungus 
Sequence ATTAATATATCAACCTCTTCAGCTTTTGCTTGTTGAGTGTTGGATGTGGGGGTCTCTTTTGCTGGTCTTCTTGTGAGGTCAGCTCCCCTAAAATGTATTAGCGGAACAATTTGTTGACCGTTCATTGGTGTGATAATTATCTACGCTATTGCCGTGAAGCAGAGTTCAGCTTCTAATAGTCCATTGACTTGGACAATTTTCATTAATGTGA
Structure .........((((((((..((((....))).)..))).)))))...((((((........(((((.((((....))))))))).))))))...(((..((((.((((...(((((.((.(..((.(((((((((....))).)))))).)).))).)).).)))))).)))...)))).((((((((..((((...)))..))))))).))
Method 2: Homology modeled
Energy -31.4 kcal/mol
Model 283854265
Alignment
Sbjct: ATTAATATATCAATCTCTCCTGCTTTTTGCATGTTGAGTATTGGATGTGGGGTTATTCTTTTGCTGGACTCTCATTTGAGGTCGGCTACCCTAAAATGTATTAGCGAAACAATTTGTTTACTGCTCATTGGTGTGATAACTATCTACGCTATTGACGGTGAAGGCATGTTTAGCTTCTAACAGTCCATTGACTTGGATAATATCTTTATTAATGTGA
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Query: ATTAATATATCAACCTCTTCAGC-TTTTGCTTGTTGAGTGTTGGATGTGGGGGT-CTCTTTTGCTGGTCT-TCTTGTGAGGTCAGCTCCCCTAAAATGTATTAGCGGAACAATTTGTTGACCGTTCATTGGTGTGATAATTATCTACGCTATTGCC-GTGAAGCAGAGTTCAGCTTCTAATAGTCCATTGACTTGGACA--ATTTTCATTAATGTGA
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 CBCs: _____________(______(_________)________)____________(__________________________________)__________________(_______________________________________________________________)______________________________________________
HCBCs: ________________________________________________________________(__________________)_____________(________________(__________________________________________________)______________)______________(_______)_____________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 92.857
III: 81.25
IV: 91.667
Annotation Process: HMM annotation
Start: 423
End: 633

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