Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 19718

Figure

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Details

GI 19718 see NCBI Nucleotide
Accession X59789
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons asterids lamiids Solanales Solanaceae Nicotianoideae Nicotianeae Nicotiana Nicotiana rustica 
Sequence ACGCATCGCGTCGCCCCCGCACACCGCGCCCATTCTCATGATTGCGGTGGTGTCGTGGGACGGATACTGGCCTCCCGTGTGCCTCGAGCGTGCGGTTGGCCTAAATGCGAGTCCACGGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAACTCAACTCTCGTAATGTCGTGGCTCCAACCCGTCGCATGTTTGGGCTCCCCGACCCTTATCGCGCTTAGGCGCTCCGACCGCGA
Structure ....(((.((((.((.(.((((((((((..((.(...)))..)))))).)))).).)))))))))...((((..((((((((.....))))))))..)))).......((((((((((((((((..(((((((((.((((.((((((...)))))).))))..)))))))).).....))))))).)))..)))))).........(..(((((....))))...))......
Method 2: Homology modeled
Energy -70.7 kcal/mol
Model 24528364
Alignment
Sbjct: ACGCATCTCGTCGCCCCCGCGCACCGCGCCCGGACTCGCGGGCGTGGTAGTGTCGGGGGACGGATATTGGCCTCCCGTGCGCCCCGTGCGTGCGGTTGGCCTAAATGCGAGTCCACGGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAACTCAACTCTCGTAATGTCGCGACCGGAACCCGTCGCGCGTTTGGGCTCCTTGACCCTTCTTGCGCTTAGGCGCTCCGACCGC--
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Query: ACGCATCGCGTCGCCCCCGCACACCGCGCCCATTCTCATGATTGCGGTGGTGTCGTGGGACGGATACTGGCCTCCCGTGTGCCTCGAGCGTGCGGTTGGCCTAAATGCGAGTCCACGGCGACGGACGTCACGACAAGTGGTGGTTGAAACTCAACTCTCGTAATGTCGTGGCTCCAACCCGTCGCATGTTTGGGCTCCCCGACCCTTATCGCGCTTAGGCGCTCCGACCGCGA
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 CBCs: _______________________________(______)__________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: ____________________(____(_(______________)_)_____)____________________________(_________)__________________________(_________((__________________________________________)_)_____________)______________________________________________
Transferred percentage of helices I: 88
II: 100
III: 97.059
IV: 83.333
Annotation Process: HMM annotation
Start: 629
End: 861

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