The ITS2 database

GI 215433632

Figure

(Save as SVG or PNG) view with Pseudoviewer

Details

GI 215433632

Accession EU862216

Date 2011/04/01

Lineage root ; cellular organisms ; Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Fungi ; Dikarya ; Basidiomycota ; Agaricomycotina ; Agaricomycetes ; Agaricomycetes incertae sedis ; Cantharellales ; Clavulinaceae ; Clavulina ; Clavulina cristata

Sequence GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGCTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGGTTTCACAGATTGTRCAATCTGTGTTCCACATTCAGCTTGACCTCGA

Structure (((((..((((((((.(((((((((..(...))))))..).))).))))).....))).))))).(((((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).))))).(((...((((((.((((....((.(((.(((((.((((....)))).)).))).))))).)))))))))).)))........(((...((((((.(.....)))))))..)))..................

Method 2: Homology modeled

Energy -35.7 kcal/mol

Model 219930312

Alignment

Sbjct: GTGAAA-TCCTCAAGCTTGGATGGTTT-----TCCGT--CTTAAGCTTGG-TATTGGGCTTTGCTGTGCCTTTCGTTGGAACAGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCTGATCCTCATGTGGCATTGGTTCTACTCAGCGTGATAATGATATTGACCGCTGGGGACATCTTTCTAGATGGCCAATTCTCTCATCTGGGTTGCTTCTAATTTGGCTTTGACAGATTCTGATCAGAACTGTTTTGCCCTTCTGTTTTGA------
       (((((.-(((((((((((((((((...-----.))))--).)))))))))-....))).))))).(((((...(((.(((.((((((((.......))..)))))).)))..))).))))).(((...((((((.((((....((.((((.((((((((((....))))))).))).))))))..)))))))))).)))........(((...(((((.((((....)))))))))..)))............------
Query: GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGT-CTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAG--CTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGGTTTCACAGATT---GTRCAATCTGTGTTCCACATTCAGCTTGACCTCGA
       (((((..((((((((.((((((((.........))))..).))).))))).....))).))))).(((((...(((.((..((((((((.......))..))))))..))..))).))))).(((...((((((.((((.......-(((.(((((.((((....)))).)).))).)))--...)))))))))).)))........(((...(((((..(---.....).)))))..)))..................
 CBCs: ___________________________________________________________________________________________________________________________________________________(_________(__________)__________)___________________________(_(___(_____________________)__)_)__________________
HCBCs: _(______(_______(__________________________)____________)_____)__(__(_____((______(___(_____________)___)_______))___)__)____________(_________________(___(______________)____)_____________)_____________________________________________________________________

Transferred percentage of helices I: 95.455
II: 94.737
III: 86.207
IV: 75

Model for

root

cellular organisms

Eukaryota

Fungi/Metazoa group

Fungi

environmental samples

uncultured soil fungus

197112180 (Method 2)

197112189 (Method 2)

197112192 (Method 2)

197112196 (Method 2)

197112199 (Method 2)

197112206 (Method 2)

197112209 (Method 2)

197112214 (Method 2)

197112219 (Method 2)

197112271 (Method 2)

197112341 (Method 2)

197112344 (Method 2)

197112378 (Method 2)

197112379 (Method 2)

197112380 (Method 2)

197112381 (Method 2)

197112382 (Method 2)

197112383 (Method 2)

197112386 (Method 2)

197112387 (Method 2)

197112389 (Method 2)

197112391 (Method 2)

197112392 (Method 2)

197112393 (Method 2)

197112399 (Method 2)

197112401 (Method 2)

197112405 (Method 2)

197112411 (Method 2)

197112412 (Method 2)

197112413 (Method 2)

197112414 (Method 2)

197112416 (Method 2)

197112417 (Method 2)

197112418 (Method 2)

197112419 (Method 2)

197112421 (Method 2)

197112422 (Method 2)

197112477 (Method 2)

197112479 (Method 2)

197112480 (Method 2)

197112481 (Method 2)

197112483 (Method 2)

197112484 (Method 2)

197112487 (Method 2)

197112492 (Method 2)

197112493 (Method 2)

197112497 (Method 2)

197112500 (Method 2)

197112501 (Method 2)

197112502 (Method 2)

197112503 (Method 2)

197112504 (Method 2)

197112507 (Method 2)

197112511 (Method 2)

197112514 (Method 2)

197112516 (Method 2)

197112517 (Method 2)

197112522 (Method 2)

197112524 (Method 2)

197112525 (Method 2)

197112530 (Method 2)

197112549 (Method 2)

197112558 (Method 2)

197112574 (Method 2)

197112600 (Method 2)

197112618 (Method 2)

197112624 (Method 2)

197112681 (Method 2)

197112682 (Method 2)

197112851 (Method 2)

uncultured fungus

244538350 (Method 2)

302126298 (Method 2)

306030542 (Method 2)

313761460 (Method 3)

313761461 (Method 3)

313761468 (Method 3)

313761469 (Method 3)

313761477 (Method 3)

313761478 (Method 3)

313761482 (Method 3)

uncultured ectomycorrhizal fungus

52353918 (Method 3)

78191190 (Method 2)

78191197 (Method 2)

145207490 (Method 2)

Dikarya

Basidiomycota

Agaricomycotina

Agaricomycetes

Agaricomycetes incertae sedis

Cantharellales

Clavulinaceae

Clavulina

Clavulina cristata

31745598 (Method 3)

61657549 (Method 2)

147742855 (Method 3)

215433622 (Method 2)

215433635 (Method 2)

215433639 (Method 2)

215433644 (Method 2)

Clavulina cinerea

13398477 (Method 2)

157057268 (Method 2)

215433625 (Method 2)

Clavulina cf. cristata src75

115605487 (Method 3)

Clavulina cf. cinerea UBCOGTR0443s

189306994 (Method 2)

Clavulina cf. cristata O 65398

215433621 (Method 2)

Clavulina cf. cinerea BIO 10296

215433630 (Method 2)

Clavulina sp. B203

311334610 (Method 3)

Clavulina sp. EMF53

323320654 (Method 2)

environmental samples

uncultured Clavulina

189306935 (Method 2)

190682974 (Method 3)

204306505 (Method 2)

225032891 (Method 2)

229892678 (Method 2)

291337370 (Method 2)

291337483 (Method 2)

310690060 (Method 2)

310751971 (Method 2)

uncultured Clavulinaceae

91199891 (Method 2)

194045541 (Method 3)

225007805 (Method 2)

environmental samples

uncultured Basidiomycota

63408656 (Method 2)

63408716 (Method 2)

63408736 (Method 2)

Annotation Process: Mixed HMM and Genbank annotation
Start: 362
End: 614

If you use the database please cite.