Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 219813111

Figure

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Details

GI 219813111 see NCBI Nucleotide
Accession FJ553325
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetidae Boletales Suillineae Suillaceae environmental samples uncultured Suillus 
Sequence AGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGCTTCGATAGGGTGCTTGGATGTTGGGGGCTGCCGGAGACACTGGACTCGTCCAGGACTCGGGCTCCTCTTAAATGAATCGGCTTGCGGTCGACTTTCGACTTTGCATGACAAGGCCTTTGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCCGAAGTGCAAGACAGAACGGTTCCGTGCCTCTAATGCGTCGACGCCTCTCGGGGCCGTCTTCCTCATTGACGTTTGA
Structure .........(((((((((.((((......)))).)))).).)))).....(((((..(((.(((.(.(((((....)))))).))).))).)))))..........(((..((((..((((((((..(((((((..(..(((....((((((((....)))).)))).))))..))))))).).))).)))))))))))..(((((.(..((((((....))...)))))....)))))........
Method 2: Homology modeled
Energy -62.6 kcal/mol
Model 176063
Alignment
Sbjct: AGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGCTTCGAAAGGGTGCTTGGATAGTGGGGGCTGCCGGAGAT-CTGGACTTCTCGTCTAGGACTCGGGCTCTCCTGAAATGAATGGGCCTGCGGTCGACTTTCGACTATGCATGACAAGGCTTTTGGCGTGATAATGATCGCCGCTCGCTGAAGTGCATGAATGAATGGTCCCGTGCCTCTAATGTGTCGATGCCTTCTGG---CGTCTTCCTTATTGACTTTTGA
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Query: AGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTTGCTTCGATAGGGTGCTTGGATGTTGGGGGCTGCCGGAGACACTGGA---CTCGTCCAGGACTCGGGCTCCTCTTAAATGAATCGGCTTGCGGTCGACTTTCGACTTTGCATGACAAGGCCTTTGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCCGAAGTGCAAGACAGAACGGTTCCGTGCCTCTAATGCGTCGACGCCTCTCGGGGCCGTCTTCCTCATTGACGTTTGA
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 CBCs: ___________________________________________________________________________________________________________________________________(__________________________________________________)___________________________________________________________________
HCBCs: ____________________________________________________((___________(___(___________)__)__________))_______________________(_____________________(_______(_________________)____)____________________)_____________(______(_____________)_______)____________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 94.444
III: 94.118
IV: 100
Annotation Process: HMM annotation
Start: 722
End: 968

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