Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 1225976

Figure

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Details

GI 1225976 see NCBI Nucleotide
Accession X74926
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Russulales Bondarzewiaceae Heterobasidion Heterobasidion annosum species complex Heterobasidion annosum 
Sequence GTGAAATTCTCAACCCTGTGCTTTTCTTGTGAAAGCGCGTGGGCTTGGACTTGGAGGCTTTGCTGGTCCTCGCGGATCGGCTCCTCTCAAATGCATTAGCGAGACCCTTGTGGTGCCGCCCCCGGTGTGATAATTGTCTACGCCGTGGTGGTACGCCACGATTGTGGGGGACCTGCTTCCAACCGTCGAAAGACAAACTTTATCGAAACTTGA
Structure .........(((((((((((((((....)...))))))).))).))))....(((((....((((((.((...)))))))).)))))..........((((.(.((((((((((((.((((.(((((((..(....).))))))).)).).)..)).))...)))))))).).))))........((((.(((.....))).)))).......
Method 2: Homology modeled
Energy -38.9 kcal/mol
Model 182676346
Alignment
Sbjct: ---ACACCCTCAACCTTCTCGGTTTCTTG---ACCGGGAAAGGCTTGGACTTTGGAGGTTTTCCTTTTTGCTGGCCTTCCCTTTGAAGCCAGCTCCTCCTAAATGAATTAGTGGGGTCC--GCTTTGCCGATCCTTGACGTGATAAGTATGCTTCTACGTCTTGG-GTTTTGCACCATTGGCCTGGAACCCGCTTCCAACAGTCTTCTTCGAAATGAAAAAGACAATGTCCGAC
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HCBCs: _____________________________________________________(_________________(_(___(_______)__)_)_______)____________((________((________(______(___________________)_______)_____________))________))__________________________________________
Transferred percentage of helices I: 93.333
II: 92.857
III: 82.759
IV: 87.5
Annotation Process: HMM annotation
Start: 365
End: 577

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