Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 33325344

Figure

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Details

GI 33325344 see NCBI Nucleotide
Accession AF516589
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Polyporales Polyporaceae Polyporus Polyporus squamosus 
Sequence ATGAAATTCTCAACCTTACAAACTTTTGTGTTTGATTTGGCTTGGAGTTGGAGGCTTGCTGATGGGAAATTCCTTTGGCTCCTCTCAAATGCATTAGCTTGGTTCCTTGCGGATTGGCTCCTGGTGTGATAAATGTTTACGCCGCAGCTGTTGAAGCGATTTGGGCAAGCTCCTAACCGTCTCGATATTGAGAGACAGCTTTTTGAACATGACATCTGA
Structure ....((..(((((((..((((((......)))))..).)).)))).)))(((((...(((((..(((...).))))))).)))))..........((((((..(((((((...((((.(..(((((((((....))).))))))..))))..)..))))...))))))))).......(((((..(...).))))).......................
Method 2: Homology modeled
Energy -19.8 kcal/mol
Model 55820070
Alignment
Sbjct: ATGAAATMTTCAATC-TACAAACTTCTTATGGGGTTTG--TAGGCTTGGACTTGGAGGCTTGTCGGTCCCTTTACAGGTCGGCTCCTCTTAAATGCATTAGCTTGGTTCCTTGCGGATCGGCTTGTCGGTGTGAT-AATGTCTACGCCGCGACCG-TGAAGCGTGTTTGGGCGAGCTTCTAACCGTCTCGTTAC--AGAGACAACTTTT-----ATGACCTCTGA
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Query: ATGAAATTCTCAACCTTACAAACTTTT----GTGTTTGATTTGGCTTGGAGTTGGAGGCTTGCTGATGGGAAATTCCTTTGGCTCCTCTCAAATGCATTAGCTTGGTTCCTTGCGGATTGGCTC-CTGGTGTGATAAATGTTTACGCCGCAGCTGTTGAAGCG-ATTTGGGCAAGCTCCTAACCGTCTCGATATTGAGAGACAGCTTTTTGAACATGACATCTGA
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 CBCs: ____________________________________________________________________((______))___________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _____________(_____________________________)__________________((((____________))))_____________________(______________((__(___(_____(________)______)__)_))_________________)____________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 78.947
II: 92.308
III: 92.593
IV: 100
Annotation Process: HMM annotation
Start: 471
End: 689

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