Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 5070531

Figure

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Details

GI 5070531 see NCBI Nucleotide
Accession AF145568
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Corticiales Corticiaceae Hyphodontia Hyphodontia radula 
Sequence GTGAAATTATCAACTCCCTTTCTTTATTGAAGGGTGAGCTTGGACTTGGGGATTGCTGGTGCAAATTGGCTTCCCTTGAATGTATTAGCTGGAATTTGATTCGCAGCATATATGCGGTGTGATAATGTCGTCACTGTGTAGCTCGGATTGTCTGGCTTCTAATCGTCCTTCACGGGACAATTTGATCTTTTTGACCTCAAATCAGGTAGG
Structure .........(((((((((((((......)))))).))).))))..(.(((((..((((((....)))))).))))).)........(((((((...(((((((.(((...(((((((((((((...)))).))))))))))))))))))))))))))((.(((.(((((....))))).))).)).........................
Method 2: Homology modeled
Energy -56.3 kcal/mol
Model 183987112
Alignment
Sbjct: GTGAAATTATCAACTCCCTTTCTTTATTGAAGGGTGAGCTTGGATTTGGGGATTGCTGGTTTTCAATCGGCTTCCCTTGAATGCATTAGCTGGAATTTAATTCGCAGCATATATGCGGTGTGATAATGTCGTCACTGTGTAGCTCGGATTGTCTAGCTTCTAATCGTCCTTCACGGGACAATTTGATCAATT-------------------
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Query: GTGAAATTATCAACTCCCTTTCTTTATTGAAGGGTGAGCTTGGACTTGGGGATTGCTGGTGCA-AATTGGCTTCCCTTGAATGTATTAGCTGGAATTTGATTCGCAGCATATATGCGGTGTGATAATGTCGTCACTGTGTAGCTCGGATTGTCTGGCTTCTAATCGTCCTTCACGGGACAATTTGATCTTTTTGACCTCAAATCAGGTAGG
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 CBCs: ___________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _________________________________________________________(_________)______________________(_______(__________________________________________________)____)________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 85.714
III: 100
IV: 100
Annotation Process: Mixed HMM and Genbank annotation
Start: 353
End: 562

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