Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 13774457

Figure

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Details

GI 13774457 see NCBI Nucleotide
Accession AF347108
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Polyporales Polyporaceae Polyporus Polyporus brumalis 
Sequence ATGAAATTCTCAACCTAACAAGTTCTTAACCGGACTTGCTTAGGCTTGGACTTGGAGGCTTGTCGGCTCTTAGCAGTCGGCTCCTCTCAAATGCATTAGCTTGGTTCCTTGCGGATCGGCTCACGGTGTGATAATTGTCTACGCCGCGACCGTTGAAGCGTTTTAATGGCCAGCTTCTAATCGTCTCTTGCGAGACAGCATTCATCGAACTCTGA
Structure .........((((((((((((((((......))))))).))))).))))....(((((...((((((((...).))))))).)))))..........((((.((((..((((...((((.((.(((((((((....))).)))))).)))))..)..))).....).)))))))).....(.(((((....))))))..................
Method 2: Homology modeled
Energy -50.9 kcal/mol
Model 300077862
Alignment
Sbjct: ATGAAATTCTCAACCTAACGGGTTCTTAACGGGACTCGTCTTAGGCTTGGACTTGGAGGCTTTGTCGGCTTGCTTTCGTCGAGTCGGCTCCTCTCAAATGCATTAGCTTGGTCCCTTGCGGATCGGCTCACGGTGTGATAATTGTGTCTACGCCGCGACCGTTGAAGCGTTTTCAGTGGGCCAGCTTCTAATTGTCTCTTGCGAGACAAGCTTTCATCGAACTCT--
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 CBCs: ___________________(________________)______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: ____________________(______________)____________________________________________________________________________(_________________________________________________________________)________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 88.235
II: 80
III: 93.103
IV: 85.714
Annotation Process: HMM annotation
Start: 99
End: 313

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