Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 215433622

Figure

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Details

GI 215433622 see NCBI Nucleotide
Accession EU862206
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Cantharellales Clavulinaceae Clavulina Clavulina cristata 
Sequence GYGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGTCCCCATTTGGGTTGCTTCTAAACCCGGTTTTGCAGATTGTTTTGATCTGTATTCCAATTTCAGCTTGACCTCGA
Structure (((((..((((((((.(((((((((..(...)))))).).))).))))).....))).))))).(((((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).))))).(((...((((((.(((......(.(((.(((((.((((....)))).)).))).))))...))))))))).))).........((...((((((.(.(...))))))))..))...................
Method 2: Homology modeled
Energy -21.2 kcal/mol
Model 215433632
Alignment
Sbjct: GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGCTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGGTTTCACAGATTG-TRCAATCTGTGTTCCACATTCAGCTTGACCTCGA
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Query: GYGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGT-CCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGTCCCCATTTGGGTTGCTTCTAAACCCGGTTTTGCAGATTGTTTTGATCTGTATTCCAATTTCAGCTTGACCTCGA
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 CBCs: __________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(___________________)_______________________
HCBCs: ________________________________________________________________________________________________________________________________________________(__________________________________)_______________________________(_________________)________________________
Transferred percentage of helices I: 95.652
II: 100
III: 92.593
IV: 90
Annotation Process: Mixed HMM and Genbank annotation
Start: 348
End: 600

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