Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
Select a database version:
 
     
Browse
 		   
Predict
 		   
Model
 		   
Annotate
 		   
Motif
 		   
Tools
 		 
About
Flowchart
What's new
Citation
Cited by > 150
Press releases
Statistics
Updates
Supplements
Links
ITS2 in PubMed
ITS2 highlights
Staff
Funding
Acknowledgements
ITS2 group
publications
ITS2 of the month
Awards
Usage policy
Fun



ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)

Chlorophyta hypertree
(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 225007805

Figure

(Save as SVG or PNG) view with Pseudoviewer

Details

GI 225007805 see NCBI Nucleotide
Accession FJ196905
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root ; cellular organisms ; Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Fungi ; Dikarya ; Basidiomycota ; Agaricomycotina ; Agaricomycetes ; Agaricomycetes incertae sedis ; Cantharellales ; Clavulinaceae ; environmental samples ; uncultured Clavulinaceae 
Sequence GTGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTCTGTCCTTAGTTTGGTTGTTGAGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGAACGGCTGGCCCTAAAAGCATTAGCTGATCCATGTGTGGGACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGTTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCGGTTTTCATTTGGGTTGCTTCTAAACCTGGTTATGCAGATTGTTTGAATCTGTATTCCGCTTTTCAGCTTTGA
Structure (((((..((((((((.(((((((((....))))).).)))))))).....))).))))).((.((...((((((.(((((((((..(...)))..)))))).)))).))).)).)).(((...((((((.((((..(.((.(((.(((((.((((....)))).)).))).)))))))))))))))).)))........(((..(((((((.(.(...))))))))).)))..............
Method 2: Homology modeled
Energy -11.7 kcal/mol
Model 215433632
Alignment 
Sbjct: GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGCTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGGTTTCACAGATTGTRC-AATCTGTGTTCCAC-ATTCAGC-TTGACCTCGA
       (((((..((((((((.(((((((((..(...))))))..).))).))))).....))).))))).(((((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).))))).(((...((((((.((((....((.(((.(((((.((((....)))).)).))).))))).)))))))))).)))........(((...((((((.(....-.)))))))..))).-.......-..........
Query: GTGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTT---TCTGT-CCTTAG-TTTGGTTGTTGAGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGAACGGCTGGCCCTAAAAGCATTAGCTGATCCATGTGTGGGACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGTTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCGGTTTTCATTTGGGTTGCTTCTAAACCTGGTTATGCAGATTGTTTGAATCTGTATTCCGCTTTTCAGCTTTGA------
       (((((..((((((((.(((((((((....---)))))-.).)))-))))).....))).))))).((.((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).)).)).(((...((((((.((((....((.(((.(((((.((((....)))).)).))).))))).)))))))))).)))........(((...((((((.(......)))))))..)))..............------
 CBCs: __________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(___________________)_________________________
HCBCs: _(______(_____(_______(___________)__________)__________)_____)_______________________(_____________)___________________________________________(__(_____(________________)______)_)________________________(______(_________________)_____)____________________
Transferred percentage of helices I: 95.652
II: 95
III: 100
IV: 100
Model for
root see NCBI Taxonomy
cellular organisms see NCBI Taxonomy
Eukaryota see NCBI Taxonomy
Fungi/Metazoa group see NCBI Taxonomy
Fungi see NCBI Taxonomy
environmental samples see NCBI Taxonomy
uncultured fungus see NCBI Taxonomy
307748652 (Method 3) see NCBI Nucleotide
313761509 (Method 3) see NCBI Nucleotide
313761510 (Method 3) see NCBI Nucleotide
Annotation Process: HMM annotation
Start: 373
End: 617

If you use the database please cite.