Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 323320654

Figure

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Details

GI 323320654 see NCBI Nucleotide
Accession JF273551
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Cantharellales Clavulinaceae Clavulina Clavulina sp. EMF53 
Sequence GTGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTCTGTCCTTAGTTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCTCTTCATTGGAACGGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACATTCTGATCGTTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCGGTCTTCATTTGGGTTGCTTCTAAACCTGGTTTTTACAGTTTGTTTCAATCTGTATTCCACTTTTCAACTTTGA
Structure (((((..((((((((.(((((((((.....))))).).)))))))).....))).))))).(((((....(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).))))).(((...((((((.((((..(.(..(((.(((((.((((....)))).)).))).)))).))))))))))).)))........(((....(((((..(.(...)).)))))..)))..............
Method 2: Homology modeled
Energy -9.8 kcal/mol
Model 215433632
Alignment
Sbjct: GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTC-CTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGCTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGG-TTTCACAGATTG-TRCAATCTGTGTTCCACATTC--AGCTTGACCTCGA
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Query: GTGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTT--TCTGT-CCTTAG-TTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCTCTTCATTGGAACGGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCTGATCCTCGTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACATTCTGATCGTTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCGGTCTTCATTTGGGTTGCTTCTAAACCTGGTTTTTACAGTTTGTTTCAATCTGTATTCCACTTTTCAACTTTGA------
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 CBCs: ____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(___________________)_________________________
HCBCs: _(____________(_______(___________)__________)________________)________________________(_____________)______________________________________________(_____(________________)______)_______________________________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 95.652
II: 100
III: 92.593
IV: 90
Model for
root see NCBI Taxonomy
cellular organisms see NCBI Taxonomy
Eukaryota see NCBI Taxonomy
Fungi/Metazoa group see NCBI Taxonomy
Fungi see NCBI Taxonomy
environmental samples see NCBI Taxonomy
uncultured fungus see NCBI Taxonomy
300078382 (Method 3) see NCBI Nucleotide
Annotation Process: HMM annotation
Start: 379
End: 626

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