GI |
18481526  |
Accession |
AF461590 |
Date |
2011/04/01 |
Lineage  |
root ; cellular organisms ; Eukaryota ; Fungi/Metazoa group ; Fungi ; environmental samples ; uncultured fungus
|
Sequence |
TCAATCTCCTCAGCTTTTTTGCTTGTTGAGTTTAGGATGTGGGGGTTCTGTTTTGCTGGCTTCTTTTCAAGAGGTCAGCTCCCCTAAAATGCATTAGTAGTATCTAGGCTACTAGTACGTGTGATAATTTATCTATGCCTTTTAGTGTCACAACAGATTACACTGCTTCTAACCA |
Structure |
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Method |
3: Partial structure |
Energy |
-0.24 kcal/mol |
Model |
224808859 |
Alignment |
Sbjct: -----TATATCAATCTTCTC-------TTGTTGAGTGGGTT--GGATGTGGGGG------TTTGCTGGCCTCTGAAAAAGGGGTTCAGCTCCTCTGAAAAACATTAGCAG-AGCAACTCTGTTCATTAGTGTGATAA-CTATCTATGCTATTGAATGTGTGTGGTTCAGCTTTCTAACTGTCCTTGGACAAATTTATCATTTAT---- -----....(((((((.(((-------.....))).)))))--))....(((((------...((((((((((.....))))).))))).)))))..........(((.(-(((.((..((((((.(((((((((..-..))).)))))).)))))).))...)))).))).......((((....))))..............---- Query: ATTAATATATCAATCTCCTCAGCTTTTTTGCTTGTTGAGTTTAGGATGTGGGGGTTCTGTTTTGCTGGCTTCTTTTCAAGAGG-TCAGCTCCCCTAAAATGCATTAGTAGTATCTAGGCTACTAGTACGTGTGATAATTTATCTATGCCTTTTAGTGT---CACAACAGATTAC--ACTGCTTCTAACCAAAATAATGACAAACTTTA .........(((((.(..(..............)..).)))..))....(((((.........((((((((((.....)))))-))))).)))))..........(.(.(..(......((((((.(.(((((((.....))).)))).).)))))).---...).).).)...--..((.(....).)).................. CBCs: ________________________________________________________________________________________________________________(________(_(__(______________________)__)_)_________)________________(____)_____________________ HCBCs: __________________(______________)_________________(_________________((_________))__________)______________(____________(___(__________________________)___)____________)_______________________________________ |
Transferred percentage of helices |
I: 70 II: 100 III: 75 IV: 75 |
Annotation |
Process: HMM annotation
Start: 441
End: 642 |