Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 215433618

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 215433618 see NCBI Nucleotide
Accession EU862202
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetes incertae sedis Cantharellales Clavulinaceae Clavulina Clavulina rugosa 
Sequence GAAATTTCTCAAGCTTGGYTGACAATTTTTTTTGTCTGTCCTTAGTTKGGTTGTTGGGCTTTGCCGTCTCCTTCATTGGGACGGCTGGCCTCAAAAGCATTAGCTGATCCTTGTGTGGAACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGTCCCCATTTGGGTTGCTTCTAAACCCGGTTTTGCAGATTGTTTTGATCTGTATTTCC
Structure (((..(((((.((.((.(..((((.....(...)..)))).).)))).)).....))).)))...((.((...(((.(((.((((((((.......))..)))))).)))..))).)).)).(((...((((((.(((......(.(((.(((((.((((....)))).)).))).))))...))))))))).))).........((...((((((.(......)))))))...))
Method 3: Partial structure
Energy -9 kcal/mol
Model 224459493
Alignment
Sbjct: ----GCGAAATTCTTCAAGCCTTG--GATGGATTTTTTTGTCTGTCCTTGGGCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGGACGGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCCGATCCTCGTGTGGTACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGTTGAGGACATCTTCTGGGATGGCCAGTCATCATTTGGGTTGCTTCTAAA-CCGGTTTCGCAGATTG-CTCAATCTGTG-TGCCACTTTTCAGCTTTGA
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Query: TGTCGKGAAATTTCTCAAGCTTGGYTGACAATTTTTTTTGTCTGTCCTT-AGTTKGGTTGTTGGGCTTTGCCGTCTCCTTCATTGGGACGGCTGGCCTCAAAAGCATTAGCTGATCCTTGTGTGGAACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGTCCCCATTTGGGTTGCTTCTAAACCCGGTTTTGCAGATTGTTTTGATCTGTATTTCCAATTTTCAGCTT---
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 CBCs: _________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(___________________)____________________
HCBCs: ____________((____(_((______((____________))______)))_________))_________________________(_____________________)________________________________________________(___(________)___)________________________________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 78.261
II: 90
III: 92.593
IV: 90
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 385
End: 639

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