Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 313761477

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 313761477 see NCBI Nucleotide
Accession HQ444981
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi environmental samples uncultured fungus 
Sequence GTGAAATCCTCAAGCTTGGATGGTTTTCCGTCTTAAGCTTGGTATTGGGCTTTGCTGTGCCTTTTGTTGGAACAGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCTGATCCTCATGTGTGTGGCGTTGGTTCCGCTCAGCGTGATAATGATCTTGACCGCTGGGGACATCTTTCGGGATGGCCAATTCTCATCTGGGTTGCTTCTAATTTGGCTTTGACAGATTCTGAATCTGTTTTGCC
Structure (((((.((((((((.((((((((....))))).))).)))))....))).))))).(((((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))......))).))))).(((...((((((.((((....((...((.(((((.((((....)))).)).))).)).)).)))))))))).)))........(((...((((((.(....)))))))..)))
Method 3: Partial structure
Energy -36.7 kcal/mol
Model 215433632
Alignment
Sbjct: ----GCGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTTGTCCGTCCCTTAGCCTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGTACGGCTGGCCTTAAAAGCATCAGCTGATCCTC----GTGTGGCACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTC-TGATCGCTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCAGCTCTCATTTGGGTTGCTTCTAAACTTGGTTTCACAGATTGTRCAATCTGTGTTCCACATTCAGCTTGACCTCGA
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 CBCs: ________________________________________________________________________________________________________________________________________________________(____________(__________)___________)________________________(_(___(__________________)__)_)__________________
HCBCs: _____(______(_______(__________________________)____________)_____)__((_(____((_______(___(_____________)___)____________))__)_))_______(____(_________(_______(_______________________)_____)_____)____)_____________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 91.304
II: 100
III: 96.296
IV: 100
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 377
End: 623

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