Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 169260448

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 169260448 see NCBI Nucleotide
Accession EU347755
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Crotalarieae Wiborgia Wiborgia sericea 
Sequence GCCCATCGTTGCCCCAGTGCCTTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGCGAATGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGGTCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTATGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGGGACCTC
Structure ((.((.(((((((((.((((((.(((.....))))))))).....))))))).)).))))...(((.(((......))).)))..(((((.(....(((((((((((((.(((.((((((.(((.((((..((((((....))))).))))).))))))).))..)))))))).))...).)))))).)))))...(((..((((((((...)).)..)))))..)))
Method 3: Partial structure
Energy -63.2 kcal/mol
Model 4321160
Alignment
Sbjct: -GCACATCGTTGCCCCCGTGCCTTGGCCACGTGCTAGGCACCAAGCGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAATGTCTCACGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCGCGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGCTGAGTTAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGAGTCACCCCCACCAGCTTTGCGACTCTTTGACCCATGGGGGTCTGTTGGCCTCCTAATACGGGAACCTCAGG-------------------------------------------
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Query: CGCCCATCGTTGCCCCAGTGCCTTGGCCTCGCGCTAGGCACCGAGCGGGGCGAATGCTGGCTTCCCGTGAGCAACGCCTCACGGTTGGTTGAAAACTGAGTCCGTGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGACCGGTCGTGCGTGTCACCCCCACCGGCTTTGCGACTCTATGGCCCATGAGCGTCTGTTGGTCGCCCAAGACGGG-ACCTCTGTCAGGCGGGGCTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATAAGCGGA
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 CBCs: ____________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: ________________________________________________________________________________________(_______________(___________________________(_______________)__________________________)_______________)______(_____________________________)_______________________________________________
Transferred percentage of helices I: 95.652
II: 85.714
III: 97.619
IV: 84.615
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 433
End: 708

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