Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 8101481

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 8101481 see NCBI Nucleotide
Accession AF133777
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi environmental samples uncultured fungus from Acaulospora colossica spore IVB.5 
Sequence TCACTACTATAACCTTTTTGTTATAATAGTGGACTTGGAATGCGCTGGTGTCAATCAGCCCTTCTAAAATGGAGTTCTTGCACTGTTGATTTGTTTTAACAGCATGTTGGCCTAATAAGTTTCGGCAGTAATGTTGAAATCACTGGCTTTTTTTGCTTAGAATCTGACAGTCTTGATATACAGAATTTTTGAGGTGACTTGTCTCCTC
Structure ((((((.((((((......)))))).))))))..((((((.(.((((((....))))))).))))))...((((((((((((((((((....((((((..((((.(..((((...(..(((((((((....))))))))).)..)))))....)))))))))).)))))))...).))...)))))))).((((.((....)).))))
Method 3: Partial structure
Energy -49.8 kcal/mol
Model 8101482
Alignment
Sbjct: --------ATGAACACCTCACTACTATAACTTTTTTGTTGTAATAGTGGACTTGGGATGCGCTGGTGTCAATCAGCCCTTCTAAAATGGAGTTCTTGCACTGTTGATTTGTTTTAACAGCATGTTGGCCTAATAAGTTTCGGCAGTAATGTTGAAATCACCGGCTTTTTTTGCTTAGAATCTGACAGTCTTGATATACAGAATTTTTGAGGTGACTTGTCTCCTCTTCAAATTTTGA---------
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Query: TCAGTATCATGAACACCTCACTACTATAACCTTTTTGTTATAATAGTGGACTTGGAATGCGCTGGTGTCAATCAGCCCTTCTAAAATGGAGTTCTTGCACTGTTGATTTGTTTTAACAGCATGTTGGCCTAATAAGTTTCGGCAGTAATGTTGAAATCACTGGCTTTTTTTGCTTAGAATCTGACAGTCTTGATATACAGAATTTTTGAGGTGACTTGTCTCCTCTTCAAATTTTGATCTGAAATC
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 CBCs: ______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: __________________________(____________)_______________(_______________________)______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 100
III: 100
IV: 100
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 308
End: 554

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