Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 7739609

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 7739609 see NCBI Nucleotide
Accession AF215922
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Thermopsideae Piptanthus Piptanthus nepalensis 
Sequence GCACATCGTTGCCCCCAATGCCTTAGCCTTGTGCTAGGCTTTGAGTGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAAGGTCTCACGGTTGGTTGAAAAATTGAGTCCCTGGTGGAGGGCGCCGCGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGATCGATCGTGCGCGTCACTCGTGCCGGATCTGGGACTTTGTGACCCATGGGCGTCTTGTTGGTCGCCCATGACGGGACCTCA
Structure ((.((.((((((((((.(.((((.(((.....))))))).)...).))))))).)).))))...(((.(((.(...)))).)))..(((((..(....((((((.(((((..(((.((((((.(((.((((..((((((....))))).))))).))))))).))..))).)))).)....).)))))).)))))..((((..((.((((((...)).)..)))))..))))
Method 3: Partial structure
Energy -37.5 kcal/mol
Model 4321160
Alignment
Sbjct: ------------GCACATCGTTGCCCCC-GTGCCTTGGCCACGTGCTAGGCACCAAGCGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAATGTCTCACGGTTGGTTG-AAAATCGAGTCCGCGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGCTGAGTTAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGAGTCACCCCCACCAGCTTTGCGACTCTTTGACCCATGGGGGTC-TGTTGGCCTCCTAATACGGGAACCTCAGG-
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Query: TGCCTGGGTGTCGCACATCGTTGCCCCCAATGCCTTAGCCTTGTGCTAGGCTTTGAGTGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAAGGTCTCACGGTTGGTTGAAAAATTGAGTCCCTGGTGGAGGGCGCCGCGATGGATGGTGGTTGAGTAAAAGCTCGAGATCGATCGTGCGCGTCACTCGTGCCGGATCTGGGACTTTGTGACCCATGGGCGTCTTGTTGGTCGCCCATGACGGG-ACCTCAGGT
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 CBCs: _____________________________(______________________)___________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: ____________________________________(_________)_______________________________________________________________(______(__((___(______(________(___(_______________)_)_______)________)__))___)__________)________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 95.652
II: 100
III: 92.857
IV: 92.308
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 3
End: 249

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