Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 108948008

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 108948008 see NCBI Nucleotide
Accession DQ524279
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Viridiplantae Streptophyta Streptophytina Embryophyta Tracheophyta Euphyllophyta Spermatophyta Magnoliophyta eudicotyledons core eudicotyledons rosids fabids Fabales Fabaceae Papilionoideae Genisteae Lupinus Lupinus paranensis 
Sequence GCACATCGTTGCCCCCGTGCCTTGGCCACATGCTAGGCACCAAGCGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAATGTCTCACGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCGCGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGCTGAGTTAAAGCTCGAGACCGATCGCGCGAGTCACCCCCACCAGCTTTGCGACTCTTTGACCCATGGGGGTCTGTTGGCCTCCTAATACGGGAACCTCA
Structure ((.((.((((((((((((((((.(((.....)))))))))...).))))))).)).))))...(((.(((.(...)))).)))..(((((((....(((((((((((((.(((.((((((.(((.((((..((((((....))))).))))).))))))).))..)))))))).))...).))))))))))))..(((((.((((((((...)).)..)))))..)))))
Method 3: Partial structure
Energy -78.1 kcal/mol
Model 4321160
Alignment
Sbjct: --------GCACATCGTTGCCCCCGTGCCTTGGCCACGTGCTAGGCACCAAGCGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAATGTCTCACGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCGCGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGCTGAGTTAAAGCTCGAGACCGATCGTGCGAGTCACCCCCACCAGCTTTGCGACTCTTTGACCCATGGGGGTCTGTTGGCCTCCTAATACGGGAACCTCAGG
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Query: TGGGTGTTGCACATCGTTGCCCCCGTGCCTTGGCCACATGCTAGGCACCAAGCGGGGCGAATGTTGGCTTCCCGCGAGCAATGTCTCACGGTTGGTTGAAAATCGAGTCCGCGGTGGAGGGCGCCGTGATGGATGGTGGCTGAGTTAAAGCTCGAGACCGATCGCGCGAGTCACCCCCACCAGCTTTGCGACTCTTTGACCCATGGGGGTCTGTTGGCCTCCTAATACGGGAACCTCAGG
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 CBCs: ________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _______________________________________________________________________________________________________________________________(____________________________________)___________________________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 100
III: 100
IV: 100
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 387
End: 627

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