Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 63332856

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 63332856 see NCBI Nucleotide
Accession AY971814
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi Dikarya Basidiomycota Agaricomycotina Agaricomycetes Agaricomycetidae Boletales Suillineae Rhizopogonaceae Rhizopogon Rhizopogon brunsii 
Sequence TCAACCTCTCTCGATTGACTTCGAGAGGGTGCTTGGATAGTGGAGGTTGCCGGGAAACACTTGGATTCGTCCGAGATTCGGGCTCTTCTGAAATGCATCGGCTTGCGGGCGACTTTCGACTATGTGCGACAAGGCTTTCGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCCGAAGCGCATGACAGAAGGTTTCCGTGCCTCTAATGCGTCGACCGCTTACTATCTCTCCGGAGAGAACAGGGTC
Structure ((((((((((((((......))))))))).).)))).....(((((..(((.(...(..((((((....))))))..)).))).)))))...((((((.(((..((((..(((.(((...(((((((..(..(((...(((((..((...).))))))...))))..)))))))...))).).)))))))))....)))))).((((.(((..(.((((....))))).).))))))
Method 3: Partial structure
Energy -61.8 kcal/mol
Model 175851
Alignment
Sbjct: ----AGTAAATTCTCAACCCCTCTCGATTAGCTTCGAGAGGGCGCTTGGATAGTGGAGGTTGCCGG---AGACTTGGATTCGTCCGAGACTCGGGCTCTTCTGAAATGCATCGGCTTGCGGTCGACTTTCGACTATGTGCGACAAGGCTTTCGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCTGAAGCGCATGACTGAACG-TCCCGTGCCTCTAATGTGTCGACCGCTTATTATCTCTCCGGAGAGAACAGGGTCTTCCTTATTGACTTTTGA------
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Query: TGTCAGTAAATTCTCAACCTCTCTCGATTGACTTCGAGAGGGTGCTTGGATAGTGGAGGTTGCCGGGAAACACTTGGATTCGTCCGAGATTCGGGCTCTTCTGAAATGCATCGGCTTGCGGGCGACTTTCGACTATGTGCGACAAGGCTTTCGGCGTGATAATGATCGCCGTTCGCCGAAGCGCATGACAGAAGGTTTCCGTGCCTCTAATGCGTCGACCGCTTACTATCTCTCCGGAGAGAACAGGGTCTTCCTAATTGACTTTTGACCTCAA
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 CBCs: __________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: ___________________(____________________)__________________________________________________________________(_______________(_____________________(______________________________)____________________)______________)_____________________________________________________________
Transferred percentage of helices I: 100
II: 94.118
III: 97.368
IV: 92.308
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 396
End: 669

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