Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
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ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)


Chlorophyta hypertree

(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

GI 313761510

Figure

(Save as SVG or PNG)

Details

GI 313761510 see NCBI Nucleotide
Accession HQ445014
Date 2011/04/01
Lineage see NCBI Taxonomy root cellular organisms Eukaryota Fungi/Metazoa group Fungi environmental samples uncultured fungus 
Sequence GCGAAATTTCTCGAGCTTGGGATGATGACAATCCTTAGTTTGGTTGTTGGGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGGACGGCTGGCCTTAAAAGCATTAGCTGATCCTCGTGTGGAACTGGTTCCACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGCTGAGGACATCTTTCGGGATGGCCAGTCCCCATTTGGATTGCTTCTAGACCTGGTTTTGCAGATTGTGTTTGATCTGTATTCCA
Structure (((((..((((((((.(((((.((....)).).).)))))))).....))).))))).((.((...(((.((.(((((((((..(...)))..)))))).)))..))).)).)).(((...(.((((.(((......(.(((.(((((..(((....)))..)).))).))))...))))))).).)))........(((...((((((.(.(....))))))))..)))
Method 3: Partial structure
Energy -1.5 kcal/mol
Model 225007805
Alignment
Sbjct: ----GTGAAATTTCTCAAGCTTGGATGGATTTTTCTGTCCTTAGTTTGGTTGTTGAGCTTTGCCGTGTCCTTCATTGGAACGGCTGGCCCTAAAAGCATTAGCTGATCCATGTGTGGGACTGGTTCTACTCAGCGTGATAACAGTCTGATCGTTGAGGACATCTTTTGGGATGGCCGGTTTTCATTTGGGTTGCTTCTAAACCTGGTTATGCAGATTGT-TTGAATCTGTATTCCGCTTTTCAGCTTTGA
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 CBCs: __________________________(________)______________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________________
HCBCs: _____(______(___(_______(____________)________)________)_____)____________________________________________________________________________________(_____(________________)______)__________________________(______________(____)___________)______________
Transferred percentage of helices I: 90.909
II: 95
III: 82.143
IV: 91.667
Annotation Process: Blast (re)annotation
Start: 367
End: 614

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