Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
Select a database version:
 
     
Browse
 		   
Predict
 		   
Model
 		   
Annotate
 		   
Motif
 		   
Tools
 		 
About
Flowchart
What's new
Citation
Cited by > 150
Press releases
Statistics
Updates
Supplements
Links
ITS2 in PubMed
ITS2 highlights
Staff
Funding
Acknowledgements
ITS2 group
publications
ITS2 of the month
Awards
Usage policy
Fun



ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)

Chlorophyta hypertree
(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

Search results (666 hits, page 1)

Show entries per page      Next >>

Lineage of Phyllachorales: root; cellular organisms; Eukaryota; Fungi/Metazoa group; Fungi; Dikarya; Ascomycota; saccharomyceta; Pezizomycotina; leotiomyceta; sordariomyceta; Sordariomycetes; Sordariomycetes incertae sedis; Phyllachorales;
Select All
>6606310 see NCBI Nucleotide Plectosphaerella cucumerina Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCCGTGGCCCGGCGTTGGGGATCTGCCACGGCAGGCCCCTAAAACCAGTGGCGGACCCGAAGGCCCTCTCCTTTGCGCAGTAGCATCAGCCTCGCATTGGGATCCCTCGGCGTCCTGCCTCTAAACCCCCCACAAGTCCGCTCCGGCGGCACCAAGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((((((((.((.....((((.((((.((..((....))))))))..)))).)).)))).)))).))).)).((((........((((((....)))).))...))))..
>4836228 see NCBI Nucleotide Verticillium albo-atrum Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((..(...))))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).))).........
>4836230 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAGTTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCGCTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((..(...))))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).))).........
>6537145 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAGTTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCGCTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((..(...))))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).))).........
>2935495 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 2 (see details)
ATTTCAACCCTCGAACCCCTCCGGGGGGTCGGCGTTGGGGATCGGCACGCCCTCACACGGGTGCCGGCCCCGAAATCCAGTGGCGGTCTCGCCGCAGCCTCTCCTGCGCAGTAGTTTGCACACTCGCACCGGGAGCGCGGCGCGGCACAGCCGTAAAACACCCCAAACTCTGAAATG
..........((((.((((....)))).))))..((((((.(((((..(((.(...).)).))))))))))))...........(.((.((((((.((.((((.((((.(((.((....)))))))))..)))))))))))).))).(((..((............)).))).....
>12657460 see NCBI Nucleotide Verticillium nubilum Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACTTCCGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGTAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGAACGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((..((...((((.((((.(((..(...))))))))..))))))).)).))..)).))).)).((((........(.((((.....))))..)))))..
>450164 see NCBI Nucleotide Verticillium tricorpus Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCTAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACTTCKGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGSGTGGCCCTTCCTTRCGTAGTAATTTKCGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTAGCCTCTAAACCCCCTACAAGTCCGCCTTGTGCGGCAACGGTTGACCTCGGATCAGGT
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.(.((.(((.(...).))))).)..)))).))))).))..)).))).)).............((((((...))).)))......................
>444041 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 2 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAGTTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCGCTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((..(...))))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>8980701 see NCBI Nucleotide Phyllachora graminis Method 1 (see details)
ATTTCCACCCTCAGGCCATGCGTCTGGTGTTGGAGGCTTGCGGCCGCCGCAACCTCTGAAAAGTATTGGCGGGCGCATAACAGCCCCGAGCGCAGTAGTTTACACACGCTCGCGGTGCTGCGGTGTCTCCCGCGGTATAAATACCACTAAAAGGTTGA
..........((((((.....))))))..(((((((.((((((...)))))))))))))...((((((.((((.((((..((((((((((((..(((...)))...)))))).)).))))..))))..))))))))))....(((.......)))...
>8980702 see NCBI Nucleotide Phyllachora vulgata Method 1 (see details)
ATTTCAACCCTCAAGCCCGCTGCGCGCTTGGTGTTGGGGACCGGCTCGCCCGCCTCGCGGCGGCGGCCGCCCCTGAAATGAATCGGCGGTCTCGTCGCAGCCTCCTTTGCGTAGTAACACACCACCTCGCAACCGGGAGCCGCGGCGCGGCCACTGCCGTAAAACGCCCAACTTCTCCACGAGTTGA
..........((((((.((...)).))))))..((((((..((((.((((.(((....))))))))))).)))))).......((((((((.((((((.((.(((((((((..((........))..)))))..)))))).)))))).))))...)))).........((((((......)))))).
>311015 see NCBI Nucleotide Verticillium albo-atrum Method 3 (see details)
GTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTAGGCGCACATGGCGCCTTCCAGTATCCTGGGAGGCATGCCTGTCCGAGCGTCGTTTCAACCATCTCGAGACCCTAGTGGCCCGGTGTTGGGGAT
(((((....)))))...((((.(((...))).))))..((.((((..(((...(((((((((....))))))))))))..)))).))..(((...(((((....(((.(.(......).).))).))))).)))
>453521 see NCBI Nucleotide Verticillium tricorpus Method 3 (see details)
GTAGTGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATGGCGCCTTCGAGTATCCTGGGAGGCATGCCTGTCCGAGCGTCGTTTCAACCCTCGAGCCCTAGTGGCCCGGTGTTGGGGAT
(((((....)))))...((((.(((...))).))))..(((.(((..(((...((((((.((....)).)))))))))..))).)))..(((...(((((..(((.(.(.....).).))).))))).)))
>974148 see NCBI Nucleotide Plectosphaerella cucumerina Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCCGTGGCCCGGCGTTGGGGATCTGCCACGGCAGGCCCCTAAAACCAGTGGCGGACCCGAAGGCCCTCTCCTTTGCGCAGTAGCATCAGCCTCGCATTGGGATCCCTCGGCGTCCTGCCTCTAAACCCCCCACAAGTCCGCTCCGGCGGCACCAAGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((((((((.((.....((((.((((.((..((....))))))))..)))).)).)))).)))).))).)).((((........((((((....)))).))...))))..
>5123861 see NCBI Nucleotide Plectosphaerella cucumerina Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCTGTGGCCCGGCGTTGGGGATCTGCCACGGCAGGCCCCTAAAACCAGTGGCGGACCCGAAGGGCCCTCTCCTTTGCGCAGTAGCATTCGCCTCGCATTGGGAGTCCTCGGCGTCCTGCCTCTAAACCCCCCACAAGTCCGCTTCGGCGGCACCAAGGTT
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((((((((.((((....((((.((((.((..((....))))))))..)))))))))))).)))).))).)).............((((((....)))).)).......
>4809019 see NCBI Nucleotide Plectosphaerella cucumerina Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCCGTGGCCCGGCGTTGGGGATCTGCCACGGCAGGCCCCTAAAACCAGTGGCGGACCCGAAGGCCCTCTCCTTTGCGCAGTAGCATCAGCCTCGCATTGGGATCCCTCGGCGTCCTGCCTCTAAACCCCCCACAAGTCCGCTCCGGCGGCACCAAGG
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((((((((.((.....((((.((((.((..((....))))))))..)))).)).)))).)))).))).)).............((((((....)))).)).....
>444038 see NCBI Nucleotide Verticillium albo-atrum Method 1 (see details)
CAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>444039 see NCBI Nucleotide Verticillium albo-atrum Method 1 (see details)
CAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>444040 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
CAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>1698681 see NCBI Nucleotide Plectosphaerella cucumerina Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCCCGTGGCCCGGCGTTGGGGATCTGCCACGGCAGGCCCCTAAAACCAGTGGCGGACCCGAAGGCCCTCTCCTTTGCGCAGTAGCATCAGCCTCGCATTGGGATCCCTCGGCGTCCTGCCTCTAAACCCCCCACAAGTCCGCTCCGGCGGCACCAAGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((((((((.((.....((((.((((.((..((....))))))))..)))).)).)))).)))).))).)).((((........((((((....)))).))...))))..
>450163 see NCBI Nucleotide Verticillium albo-atrum Method 1 (see details)
GTTTCAACCCTCGAGCCCTAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACTTCTGTAGGCCCTTAAAATCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTTTCGCTCGCATCGGAGTCCCGTAGGCACCAGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGTCTCGTACGGCAACGGTTGA
..........(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))..)).))).))....................(((..((....))..)))
>19880275 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
TCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
.......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>19880276 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
TCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
.......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>19880277 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
TCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
.......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>19880278 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
TCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
.......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
>19880279 see NCBI Nucleotide Verticillium dahliae Method 1 (see details)
TCAACCCTCGAGCCCCAGTGGCCCGGTGTTGGGGATCTACGTCTGTAGGCCCTTAAAAGCAGTGGCGGACCCGCGTGGCCCTTCCTTGCGTAGTAATTACAGCTCGCATCGGAGTCCCGCAGGCACTTGCCTCTAAACCCCCTACAAGCCCGCCTCGTGCGGCAACG
.......(((.(((.....))).)))..((((((.(((((....))))).))))))....((.(((((.((.(((.((...((((.((((.(((.......)))))))..)))).))))).))...))))).)).............((((((...))).)))....
Select All

Show entries per page      Next >>

Used methods

Id Description*
1 Unafold - Direct
2 Homology modeled
3 Partial structure
*These structures have been modeled as accurately as possible, but represent only template based predictions and thus may be not as accurate as experimentally verified RNA structures

If you use the database please cite.