Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
Select a database version:
 
     
Browse
 		   
Predict
 		   
Model
 		   
Annotate
 		   
Motif
 		   
Tools
 		 
About
Flowchart
What's new
Citation
Cited by > 150
Press releases
Statistics
Updates
Supplements
Links
ITS2 in PubMed
ITS2 highlights
Staff
Funding
Acknowledgements
ITS2 group
publications
ITS2 of the month
Awards
Usage policy
Fun



ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)

Chlorophyta hypertree
(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

Search results (469 hits, page 1)

Show entries per page      Next >>

Lineage of Fungiina: root; cellular organisms; Eukaryota; Fungi/Metazoa group; Metazoa; Eumetazoa; Cnidaria; Anthozoa; Hexacorallia; Scleractinia; Fungiina;
Select All
>34979722 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATGGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAACAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....)).)))).))))))).))))).)))).............(((((...)...)))).............
>34979721 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATACTATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979723 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATACTATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979724 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATACTATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979727 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATACTATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979725 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGACAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979726 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCGCATGACTTGACTGACTCGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAAAGTTGAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATACTATTTTCCTTCGCCCAAAAAACCAATAGCAGACGGTCCCAATAGCTGAGAAAAAGAAAGCGGTGACAATAAATATCCAAAAAAATCTTGA
.............(((((((((.((....)).)))))))))...((((((.(.(((((((.((((....))).))))))))).)))))).......(((((((((((.((...(((((((((....(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....).))))).))))))).))))).)))).............(((((...)...))))..............
>34979728 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCGTGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGAGTGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979729 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCGTGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGAGTGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979730 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCGTGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGAGTGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979731 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCATGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAAGAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.((...((((((((((..(.(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979732 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCATGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((..(.(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979733 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGGCTCATGTGACTCATGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((..(.(((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979734 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAAGAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((((......))..))).))))))))).))))))......((.(.((((((.(..(.((((((((((..(.(((.(.(((((((...(((((...))))))))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...))...((..((...(....)))...))....
>34979735 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAAGAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((((......))..))).))))))))).))))))......((.(.((((((.(..(.((((((((((..(.(((.(.(((((((...(((((...))))))))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...))...((..((...(....)))...))....
>34979736 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGGCAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAAAATCCAATAGCAGAAAGAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((((......))..))).))))))))).))))))......((.(.((((((.(..(.((((((((((..(.(((.(.(((((((...(((((...))))))))))))))))...).)))))).)))).))...)))))))...))...((..((...(....)))...))....
>34979737 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGACTCATGTGACTCGTGTGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTAAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............(((((.(((((.((....)).))))).)))))...((((((.(.(((((((.((.(.(....)).).))))))))).))))))...((.((.(.((((((.(.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).))...)))))))...)).))...............((((...))))
>34979738 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAGAATCCAATCAAAGCGGTGACAAACAATAAATATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))..(.(.((.((((((((.(((..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).).)).))))))....)).))).)............((((...))))
>34979740 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCATTAGTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAGAATCCAATCAAAGCGGTGACAAACAATAAATATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((.(....)))).))))))))).))))))..(.(.((.((((((((.(((..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).).)).))))))....)).))).)............((((...))))
>34979739 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCAAGCAAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAGTCCAATCGAAGCGGTGACAGACAATAAACATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.((((((((.(....((((..(....)..)).))).).)))))))).))))))...((.((..(((((((((.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).)..)))))))).)..)).))...............((((...))))
>34979741 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTATTAGCAAGCAAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAGTCCAATCGAAGCGGTGACAGACAATAAATATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.((((((((.(....((((..(....)..)).))).).)))))))).))))))...((.((..(((((((((.(..((((((((((...((((.(.(((((((..(((..(...)))).)))))))))))....))))))).)))).)..)))))))).)..)).))...............((((...))))
>34979742 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 2 (see details)
GGATTTTATCGAACGCACTCGTGAGTGCGGTATTGAGGTGTCACGGCGTGTTAGCAAGCAAGCATGAAATCGTCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGACAGACAATGACAACATCAAATCTTGA
.............((((((....))))))...((((((.(.(((((((.((((((......)).).)).))))))))).))))))......((.(.((((((.(.(..((((((((((...((((.(.(((((((...(((((...))))))))))))))))....))))))).)))).))...)))))))...))...((..((...((....))))...))....
>6137184 see NCBI Nucleotide Porites compressa Method 3 (see details)
CGCACTCCGTGAGTTCGTGAGTGAGGTATTGCGGTGTGTTAGCGTGCAAGCAAGCAAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGG
(((.............)))..((..((.(((.((.....(.(((............(((......))..)....))).)....)).)))...))..))...(((((......((((((((((....(((...(((((((..(((.......))).))))))).))).....)))))).))))......)))))(((......)))
>6137185 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 3 (see details)
CGCACTCGTGAGTTCGTATGTGAGGTGATCGCACGGCGTGCTAGCAAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGA
(((....)))..(.(.....(((((......(((((((...(....(((......))..))...)))))))..))))).......).)...(((((......((((((((((....(((...(((((((..(((.......))).))))))).))).....)))))).))))......)))))(((......)))
>6137186 see NCBI Nucleotide Porites lobata Method 3 (see details)
CGCACTCTTGAGTTCGTGTGTGAGGTGTTGCGGTGTGTTAGCAAGCAAGCAAGCATTAAATCGCCGTGTCCCTTGAAGGACAGCAGCATTGGACTCGCATTCTCTATTGAAACTTGAGTGCGAAGGCTAAAGATAATATTTTCCTTCGCCCAAACATGCAATAGCAGAAACAAAATCCAATCAAAGCGGTGA
((......))..(.(.....(((((...(((((((..((....(((......))..)))..)))))))..))))).......).)...(((((......((((((((((....(((...(((((((..(((.......))).))))))).))).....)))))).))))......)))))(((......)))
Select All

Show entries per page      Next >>

Used methods

Id Description*
1 Unafold - Direct
2 Homology modeled
3 Partial structure
*These structures have been modeled as accurately as possible, but represent only template based predictions and thus may be not as accurate as experimentally verified RNA structures

If you use the database please cite.