Koetschan et al. (2010) NAR 38:D275-9
Selig et al. (2008) NAR 36:D377-380.
Schultz et al. (2006) NAR 34:W704-7.
Select a database version:
 
     
Browse
 		   
Predict
 		   
Model
 		   
Annotate
 		   
Motif
 		   
Tools
 		 
About
Flowchart
What's new
Citation
Cited by > 150
Press releases
Statistics
Updates
Supplements
Links
ITS2 in PubMed
ITS2 highlights
Staff
Funding
Acknowledgements
ITS2 group
publications
ITS2 of the month
Awards
Usage policy
Fun



ITS2 3D structure
(Keller et al. 2010)

Chlorophyta hypertree
(Buchheim et al. 2011)
Fig1, Fig2, Fig3, Fig4

Search results (47 hits, page 1)

Show entries per page      Next >>

Lineage of Fungiidae: root; cellular organisms; Eukaryota; Fungi/Metazoa group; Metazoa; Eumetazoa; Cnidaria; Anthozoa; Hexacorallia; Scleractinia; Fungiina; Fungiidae;
Select All
>162423803 see NCBI Nucleotide Cycloseris tenuis Method 3 (see details)
GCACCAAGCGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGCCCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGACTCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAACCTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423795 see NCBI Nucleotide Ctenactis crassa Method 3 (see details)
GCACCAAGTGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGCAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTTAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(.(((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..)...).)))))))..).))))))...((((.(((....))...)))))
>162423794 see NCBI Nucleotide Ctenactis crassa Method 3 (see details)
GCACCAAGTGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCAGAGGCGAACACTTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))))..).))))))...((((.(((.....))....)))))
>162423804 see NCBI Nucleotide Cycloseris vaughani Method 3 (see details)
GCACCCAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGCTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGACTCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAAACTTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))))..).))))))...((((.(((.....))....)))))
>162423811 see NCBI Nucleotide Lobactis scutaria Method 3 (see details)
GCACCTACTGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCCTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGGACGGGAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTTCAACTCTT
((((.(...))))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(....((.(((.(((....((((((((.((((....))))).))))))))))...).).).)).))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423812 see NCBI Nucleotide Verrillofungia concinna Method 3 (see details)
CGCACCTAGCCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGTCGCGGCACGGGTTCCTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTCTT
(((((......)))))...((((((.(.(((((((.(....).)))))))).))))))..........((((((..((((...((((.(.((((.(((((....(((((((.(((((....))))).)))))))))))).))))).).)))..))))))))))....((..((....))))
>162423813 see NCBI Nucleotide Verrillofungia scabra Method 3 (see details)
GCACCTAGCCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTGGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAACGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAATATGTTAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((..((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).)...)))))))..).))))))...((((.((......)...)))))
>162423814 see NCBI Nucleotide Verrillofungia spinifer Method 3 (see details)
GCACCTAGCCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTGGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAATATCTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423799 see NCBI Nucleotide Cycloseris costulata Method 3 (see details)
GCACCTAGCCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTTGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCATGGGAGCCACTCGTACGCCGAGTCGCGGAGGCGAAAACCTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...((..(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).)..))))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423802 see NCBI Nucleotide Cycloseris sinensis Method 3 (see details)
GCACCTAGCTGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTTGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCCACTCGTCCGCCGAGTCGTGGAGGCGAAAACTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...((..(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).)..))))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423806 see NCBI Nucleotide Danafungia horrida Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGAGTCACGGCCCTTCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGTGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGCTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGACCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTCATCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(.(.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).).)))))..).))))))...((((.((.......)...)))))
>162423817 see NCBI Nucleotide Halomitra clavator Method 3 (see details)
CGCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCAGCCGCCGAGTCGCAGAGGCCAACACTCTT
(((((......)))))...((((((.(.(((((.((.(....).)))))))).))))))..........((((((..(((((..((((.(.((((.(((((....(((((((.(.((((....))))).)))))))))))).))))).).))).)))))))))))....(((..(....))))
>162423815 see NCBI Nucleotide Pleuractis granulosa Method 3 (see details)
CGCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCCTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGAAGCGACTCGTCCGCCGAGGTCGCGGAGGCGAACACTTTT
(((((......)))))...((((((.(.(((((((.(....).)))))))).))))))..........((((((..((((...((((.(.((((.(((((....(((((((.(((((....))))).)))))))))))).))))).).)))..))))))).))).....(..(((...))))
>162423816 see NCBI Nucleotide Pleuractis granulosa Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCCTCTTGCGTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCAGGGCAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCCAACCATTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((.......).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).))))))))))).).)..).)))))))..).))))))...((((..((.....))....))))
>162423807 see NCBI Nucleotide Danafungia scruposa Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTAGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCAGCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTCTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.(..(......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))....).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423810 see NCBI Nucleotide Lobactis scutaria Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGAGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGTCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTTAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(.((((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).).)))))..).))))))...((((.(((....))...)))))
>162423805 see NCBI Nucleotide Heliofungia fralinae Method 3 (see details)
CGCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCCTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCGCCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTT
(((((......)))))...((((((.(.(((((((.(....).)))))))).))))))..........((((((..((((...((((.(.((((.(((((....(((((((.(((((....))))).)))))))))))).))))).).)))..)))))))))).....(..(((...))))
>162423809 see NCBI Nucleotide Fungia fungites Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTCGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCGGCCGCCGAGTCGCGGAAGCGAACACCTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.(.((......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).))))))...).))))))...((.(.(((.....))...)).))
>162423808 see NCBI Nucleotide Danafungia scruposa Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTCCTGGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGGCCCAGCCGCCGAGTCACGGAGGCGAACACTCTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.(..(......(...(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))....).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423798 see NCBI Nucleotide Cycloseris costulata Method 3 (see details)
GCACCTAGTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGCCCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGAGTCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAAACTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(....((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)).))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423801 see NCBI Nucleotide Cycloseris cyclolites Method 3 (see details)
GCACCTAGTGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGCTCAGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGACTCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAAAACTTTTCAACTCTT
((((.(...))))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(....(((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)))))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423797 see NCBI Nucleotide Ctenactis echinata Method 3 (see details)
GCACTTTACTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGACCTTCTGGTGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGCAGCGACCCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCCAAACTTTCAACTCTT
((((.......)))).(.(((((((.(.(((((...((...).).)))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(.(((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..)...).)))))))..).))))))...((((..((...))....))))
>162423796 see NCBI Nucleotide Ctenactis echinata Method 3 (see details)
GCACTTTACTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTGGTGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGCAGCGACCCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTCAACTCTT
((((.......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(...(((.(.(((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..)...).)))))))..).))))))...((((.(((....))...)))))
>162423800 see NCBI Nucleotide Cycloseris costulata Method 3 (see details)
GCACCAAGTGGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTTGCGGCCGTGTCCCTTGAAAGTTAGAGAGACTCGCCGCGGCACGGGCCCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGGAGCGAGTCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTTCAACTCTT
((((......)))).(.(((((((.(.((((((..((...).)))))))).))))))...)).....((((((.((((......(....((.(((((((....((((((((.((((....))))).)))))))))))..).).).)).))))..).))))))...((((.(((.....))...)))))
>162423793 see NCBI Nucleotide Ctenactis albitentaculata Method 3 (see details)
CGCACTTTACTCGTGCGGCGTTGAGGCGTCACGGCCCTTCTGGTGGCCGTGTCCCTTGAAAGTCAGCGAGACTCGCCGCGGCACGGGTTCGTTCCCTGCACACTCGCGGAGGCTAAAAACGCTTTTGCCCTTCGCGTGCACGGCAGCGACCCGTCCGCCGAGTCGCGGAGGCGAACACTTTC
(((((.......)))))...((((((.(.(((((((.(....).)))))))).))))))..........((((((..((((...((((.(.(.((.(((((....(((((((.(((((....))))).)))))))))))).)).)).).)))..)))))))))).....(..(((...))))
Select All

Show entries per page      Next >>

Used methods

Id Description*
1 Unafold - Direct
2 Homology modeled
3 Partial structure
*These structures have been modeled as accurately as possible, but represent only template based predictions and thus may be not as accurate as experimentally verified RNA structures

If you use the database please cite.